Rey de León (1.188 - 1.230). Regresó a León inmediatamente que conoció la muerte de su padre, donde se le reconoció como Rey. Como aún continuaban las intrigas a favor de Sancho, convocó en 1.188 una Curia Regia con la particularidad de que, además de la Nobleza y el Clero, reunió a los representantes de las ciudades, convirtiéndose las Cortes de León en las Primeras Cortes Democráticas de Europa, de donde salió la Carta Magna Leonesa. En 1.195 muere Sancho despedazado por un oso en una cacería, con lo que se acaban las intrigas palaciegas contra el trono.
Alfonso IX tuvo que rendir vasallaje ante Alfonso VIII, lo cual le pareció humillante y le hizo engendrar un gran rencor que sería la causa de las posteriores disputas entre ambos monarcas. Contrajo matrimonio con Teresa, hija de Sancho I de Portugal, con la que tuvo tres hijos: Sancha, Dulce y Fernando, que murió en 1.214 sin dejar descendencia. Este matrimonio fue anulado por el Papa Calixto III (1.194) por el parentesco que les unía, ya que eran primos. Ese mismo año firmó con Alfonso VIII un tratado que ninguno de los dos pensaba cumplir. La derrota del castellano en Alarcos (1.195) al entrar a combatir sin esperar la llegada del rey leonés con sus tropas, provocó unos años de enfrentamientos entre ambos reinos que finalizaron cuando Alfonso IX contrajo matrimonio con Berenguela, hija de Alfonso VIII. Esta boda tuvo lugar en Octubre de 1.197 y de ella nacerían Fernando III, Leonor, Constancia y Berenguela. El Papa Inocencio III anuló también este matrimonio, con lo que los conyuges se separaron. Alfonso IX tuvo también amores con Teresa Gil, de la que tuvo cuatro hijos. Renunció a participar en la Batalla de las Navas de Tolosa (1.212) pero sí colaboró con Castilla en otras luchas contra los almohades.
La muerte de Alfonso VIII (1.214) y la de su hijo Enrique I (1.217) hicieron que se proclamara Reina de Castilla a Berenguela, la cual inmediatamente renunció en favor de Fernando III. El Rey leonés intentó entonces arrebatarle a su hijo los territorios castellanos para unir ambos Reinos en uno sólo, pero fracasó a las puertas de Burgos. El 26 de Agosto de 1.218, padre e hijo sellaban en Toro una paz definitiva, centrándose desde entonces los esfuerzos de Alfonso IX en la lucha contra los almohades. En 1.227 conquista Cáceres y en 1.229 se apoderó de Montanchez, Mérida, Badajoz y Elvas, dejando abierto el camino hacia Sevilla. El 24 de Septiembre de 1.230 fallecía en Villanueva de Sarria, dejando como una de sus mejores obras la creación de la Universidad de Salamanca. Legó el Reino a sus hijas Dulce y Sancha, pero estas se lo entregaron a Fernando III a cambio de una fuerte compensación económica, con lo que los Reinos de León, Asturias, Galicia y Castilla quedaban de nuevo unidos, esta vez definitivamente.